《辦法》指出，開展多倉協同經營應當由集團化經營企業指定1家參與企業作為牽頭企業，承擔多倉協同全過程管理及風險防控職責。其它參與企業在多倉協同過程中應當接受牽頭企業的管理和監督，依照牽頭企業質量管理要求開展多倉協同經營活動。
在經營條件和管理上，《辦法》明確多倉協同參與企業基本要求，參與企業可以自設庫房，也可以委托集團內專門提供貯存、運輸服務的企業進行產品貯存、運輸。參與多倉協同的企業自營庫房面積不少于300㎡。協同有特殊溫度要求的產品，自營庫房面積不小于400㎡，冷藏、冷凍庫房容積不少于50m3。對從事專門提供醫療器械運輸、貯存服務的企業參與多倉協同的，《辦法》明確多倉協同庫房僅用于貯存集團內企業經營的醫療器械，不得用于開展集團外企業代貯代運業務。
此外，《辦法》提到多倉協同參與企業應使用統一的多倉協同信息交互系統，實現采購、收貨、查驗、入庫、貯存、出庫、運輸、退回、召回等各作業節點及庫內物流過程追溯數據的實時傳輸，數據應確保真實、完整、準確。多倉協同信息交互系統應預留與監管系統進行實時數據傳輸功能的接口。
